プログラムなど個人的メモ

グループの作成方法について

HDFViewでは、データツリー表示部分にて、値が追加できる。
簡単に書くと、

データツリー部上でコンテキストメニュー表示(ファイルを読み込んでいない場合は先に読み込むorHDFViewのファイルメニューから作成する。)→New→DataSet→ダイアログを埋めていけばOK。

このコンテキストメニュー上のNewの中には"Group"という項目もある。今回はこのグループを作成する。
(HDFViewについてはまた別にメモするかも)

さて、グループを作成するには"H5G"クラスにある"create"メソッドを使用する。引数と戻り値は以下の通り、
　

　引数
　　"fileOrGroupId" : "H5LocId"インターフェース、名前の通り"H5FileId"クラス、もしくは"H5GroupId"クラスを指定する。
　　"groupName" : "string"クラス、グループ名に使用される。
　
　
　
　戻り値
　　"H5GroupId"クラス、最後はもちろん"H5G"の"close"メソッドで閉じる必要がある。

上記の"fileOrGroupId"は、その名前の通り、"H5FileId"以外に"H5GroupId"も使用可能。なので何層もの階層を作成することができる。WiodowsのExplorerのような物として考えるとわかりやすい。以下グループ作成のサンプル。

H5GroupId groupID = H5G.create( fileID,"TestGroup" );
H5GroupId subGroupID = H5G.create( groupID,"SubTestGroup" );

ここで取得した"H5GroupId"クラスを"H5DataSetId"クラスの作成時に使用すれば、任意のグループ内にデータを作成することができる。グループを閉じる順序は、最後に開いたグループから順に閉じていく。

以下、グループ作成を交えたサンプル

H5FileId fileID = H5F.create("C:\\Test.hdf5" , H5F.CreateMode.ACC_TRUNC );
H5GroupId groupID = H5G.create( fileID,"TestGroup" );
H5GroupId subGroupID = H5G.create( groupID,"SubTestGroup" );
H5DataSpaceId spaceID = H5S.create_simple( 1, new long[] { 1 } );
H5DataTypeId typeID = H5T.copy( H5T.H5Type.NATIVE_DOUBLE );
H5DataSetId datasetID = H5D.create( subGroupID, "PI", typeID, spaceID );
H5D.write<double>( datasetID, typeID, new H5Array<double>( new double[]{ 3.14152649 } ) );
H5D.close( datasetID );
H5T.close( typeID ); 
H5S.close( spaceID );
H5G.close( subGroupID );
H5G.close( groupID );
H5F.close( fileID );

文字列の書き込み方法について
文字列を書き込む方法はちょっと特殊。

基本は前回の"HDF5 : 値の追加"と同じ方法であるが、C#にある"string"型が使用できない。まずは、"string"型を"byte[]"型にして、"byte"型の配列にしてやる。
"string"型を"byte[]"型に変換するには"UTF8Encoding"クラスなどの"GetBytes"メソッドを使用する。

string stringValue = "This is TestString.";
UTF8Encoding uni = new System.Text.UTF8Encoding( );
Byte[] byteArray = uni.GetBytes( stringValue );

まずはSpaceの作成。ここも少し特殊。書き込みは"byte[]"型であるが、文字列ひとつを一つの型と認識させるので、Spaceの定義は以下のようになる。 

H5DataSpaceId spaceID = H5S.create_simple( 1, new long[] { 1 } );

続いて型の定義。基本通り"H5DataTypeId"を作成するが、上記に書いた通り、文字列を一つの型と認識させる必要がある。型の大きさを指定する場合は"H5T"クラスの"create"メソッドを使用する。
引数は以下のように
　"createClass" : "H5T.CreateClass"列挙型を指定。
　"size" : int型、型の大きさを指定する。
文字列を書き込む場合は"H5T.CreateClass"列挙に"STRING"があるので、それを使用する。sizeは上記で取得したbyte[]の配列長さを指定する。型の定義は以下のようになる。

H5DataTypeId typeID = H5T.create(H5T.CreateClass.STRING,byteArray.Length );

また、前回の型定義方法でも可能。"H5T"クラス"copy"メソッドで使用する型定義は"C_S1"の列挙型を指定する。定義後はサイズ指定をする必要がある。
サイズを指定する場合は、"H5T"クラスの"setSize"メソッドを使用する。引数は以下の通り。
　"typeId" : "H5DataTypeId"クラス、同じ"H5T"クラスのメソッド"copy"メソッドで作成した型情報を渡す。
　"size" : "int型"、型のサイズを指定する。

H5DataTypeId typeID = H5T.copy( H5T.H5Type.C_S1 );
H5T.setSize( typeID, byteArray.Length );

後は、数値の書き込みと同じように、"H5DataSetId"を作成して、"H5D"クラスの"write<>"メソッドで書き込む。書き込む内容は上記で取得したbyte[]。

H5DataSetId datasetID = H5D.create( fileID, "Test", typeID, spaceID );
H5D.write<byte>( datasetID, typeID, new H5Array<byte>( byteArray ) );

書き込み終了後は、各ID作成クラスにある"close"メソッドで後処理を行う。
ちなみにこの方法で作成すると、HDFViewでlengthが固定になってしまう。HDFViewで編集することもできるが、lengthを超える値を保存しようとすると、超えた部分は保存されない。
以下、サンプルプログラム

H5FileId fileID = H5F.create("C:\\Test.hdf5" , H5F.CreateMode.ACC_TRUNC );
string stringValue = "This is TestString.";
UTF8Encoding uni = new System.Text.UTF8Encoding( );
Byte[] byteArray = uni.GetBytes( stringValue );
H5DataSpaceId spaceID = H5S.create_simple( 1, new long[] { 1 } );
H5DataTypeId typeID = H5T.create( H5T.CreateClass.STRING, byteArray.Length );
H5DataSetId datasetID = H5D.create( fileID, "Test", typeID, spaceID );
H5D.write<byte>( datasetID, typeID, new H5Array<byte>( byteArray ) );
H5D.close( datasetID );
H5T.close( typeID ); 
H5S.close( spaceID );
H5F.close( fileID );